Setsuna Mudo est un jeune homme agé de 17 ans. C’est un étudiant normal, si ce n’est pour l’étrange attirance qu’il ressent envers sa sœur jumelle, Sara. Le pauvre garçon vit avec sa passion depuis la naissance, sans pour autant avoir le courage de la concrétiser. Mais les circonstances lui permettront de précipiter les choses et par la même occasion d’en apprendre plus sur lui-même… En effet, deux mystérieux démons du nom de Kourai et Arachnide, se mettent à le harceler, sous prétexte qu’il serait la réincarnation de l’ange féminin déchu Alexiel. Les choses se compliquent quand se met à circuler dans son lycée un jeux vidéo intitulé “Angel Sanctuary”, responsable de décès étranges parmi les élèves.